Fin dall'età di 12 anni è titolare d'organo. Compie i suoi studi al Conservatorio di Parigi dove è allievo di Marcel Dupré, Maurice Duruflé e Olivier Messiaen. Dal 1955 è nominato professore d'organo e di composizione all'Istituto di Musica Sacra di Lisbona.
Nel 1958 si stabilisce a Berlino per ritornare a Parigi nel 1963 titolare del grande organo di St. Eustache. Fa carriera come virtuoso d’organo (esibendo improvvisazioni su temi assegnati all’ultimo) e di pianista (presentando soprattutto Liszt e Reubke) in molti Paesi.
Come organologo è autore del libro L'Orgue, souvenir et avenir, e promuove la costruzione di organi poetici ed espressivi, come quelli della Tonhalle a Zurigo, dell' "Auditorio de Tenerife" e di S. Antonio ai Portoghesi di Roma (2008).
Come compositore per organo, ha fatto adattamenti di opere preesistenti e composizioni originali, tra le quali: Toccata op. 9 del 1952, Scènes d'enfants op. 28 del 1974, Hypérion ou la Rhétorique du feu op. 45 del 1988. Ha composto anche musica da camera, opere per orchestra e per strumenti solisti (tromba, marimba, ecc.) e organo.
Incide cd per la Philips-Universal. Buona parte delle sue opere è pubblicata da Schott

Sabato 8 Maggio 2010 ore 21.00 JEAN GUILLOU suona G. F HÄNDEL Concerto in sol minore Op. 4 n.l, J.GUILLOU "Saya ou L'Oiseau bleu" Op. 50, M.MUSSORGSKY “Quadri di un esposizione”

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